Bασιζόμενο στις γνώσεις Γενικής Μικροβιολογίας που έχουν ήδη αποκτηθεί σε προηγούμενο εξάμηνο το μάθημα της Μικροβιολογίας Τροφίμων αποτελεί ένα βασικό μάθημα κορμού της Επιστήμης Τροφίμων που εισάγει τους φοιτητές στη μικροβιολογία και τη μικροβιολογική ανάλυση τροφίμων, στα είδη των μικροοργανισμών των τροφίμων, τις συνθήκες ανάπτυξής τους και τα μέσα ελέγχου τους ή καταστροφής αυτών, ενώ ταυτόχρονα παρουσιάζει αναλυτικά τις μικροβιολογικές αλλοιώσεις των τροφίμων, τους μικροβιολογικούς κινδύνους εκ αιτίας τροφοπαθογόνων μικροοργανισμών και προϊόντων του μεταβολισμού τους, αλλά τις ωφέλιμες δράσεις προβιοτικών μικροοργανισμών ή μικροοργανισμών ζύμωσης τροφίμων. Οι γνώσεις που αποκτώνται συνδέονται άμεσα με τη συντήρηση και ασφάλεια τροφίμων, τη διατροφή και τη διατροφική αξία των τροφίμων και τον ποιοτικό και οργανοληπτικό έλεγχο τροφίμων.
Η ύλη του μαθήματος αποσκοπεί επίσης στην εξοικείωση των φοιτητών με την χρήση διαφόρων μικροβιολογικών τεχνικών για την καταμέτρηση μικροοργανισμών για τα τρόφιμα και νερό ή ποτά.

Με την επιτυχή ολοκλήρωση του μαθήματος ο φοιτητής / τρια θα είναι σε θέση να:
• Έχει γνώση των βασικών εργαστηριακών τεχνικών της Μικροβιολογίας Τροφίμων
• Αριθμεί, απομονώνει και να ταυτοποιεί μικροοργανισμούς που απαντώνται στα τρόφιμα
• Έχει γνώση ποιοι μικροοργανισμοί αποτελούν δείκτες αλλοίωσης και τι μικροβιολογικές αλλοιώσεις προκαλούν στα τρόφιμα
• Αναγνωρίζει ανάλογα με το τρόφιμο και την επεξεργασία του τους μικροοργανισμούς αλλοίωσης του ή τους πιθανούς μικροβιολογικούς κινδύνους.
• Μπορεί να επιλέξει κατάλληλες τεχνικές επεξεργασίας, συντήρησης ή απολύμανσης/εξυγίανσης για την καταπολέμηση μικροοργανισμών, ανάλογα με τη σύσταση και τη συνολική μεταχείριση του τροφίμου
• Μπορεί να εκτιμήσει τη διάρκεια ζωής τροφίμων με βάση δείκτες μικροβιολογικής αλλοίωσης
• Γνωρίζει καλά τους κινδύνους για την ανθρώπινη υγεία εξ αιτίας τροφοπαθογόνων μικροβίων και τους τρόπους πρόληψης ή αντιμετώπισης αυτών.
• Γνωρίζει τα είδη και τον ρόλο των προβιοτικών μικροοργανισμών στη επιστήμη και τεχνολογία (ζυμούμενων) τροφίμων.